O Centro de Estudos Mineiros foi criado em 11 de março de 1963, como um órgão de pesquisa sobre a história de Minas Gerais, vinculado à Universidade Federal de Minas Gerais. Sua atividade, nos primeiros anos, voltou-se para a publicação de monografias e reedições de obras valiosas sobre Minas Gerais, e para o levantamento sistemático da bibliografia e da documentação sobre Minas Gerais.
O Centro publicou obras importantes, como o livro de Fritz Teixeira de Sales, Associações Religiosas no Ciclo do Ouro, em 1963, Os Dízimos Eclesiásticos do Brasil, de Oscar de Oliveira, em 1964, entre outros. Desde a sua criação, o Centro de Estudos Mineiros promove o Seminário de Estudos Mineiros, cujo décima segunda edição aconteceu em 2019, com a posterior publicação dos respectivos anais.
A institucionalização do Centro de Estudos Mineiros foi alcançada por meio da Resolução n.7/67 de 30 de junho de 1967. A necessidade de adaptação de estrutura do Centro aos Decretos Leis 53 de 18/11/1966 e 252de 28/02/1967 referentes à reforma universitária e as considerações referentes aos trabalhos já efetivamente realizados, além da necessidade de dar ao órgão existência legal, foram determinantes para que o Conselho Universitário criasse o Centro de Estudos Mineiros como órgão suplementar de natureza cultural, encarregado de estudar e pesquisar sobre a região de Minas Gerais. Numa segunda fase, o Centro intensificou o interesse por pesquisas relativas a estudos históricos sobre Minas Gerais em diversas áreas de conhecimento, em particular permaneceu o interesse principal de se fazer um inquérito sobre as condições dos arquivos, museus, patrimônio histórico e artístico em todo o Estado de Minas. Vinculado à FAFICH, por força do disposto no item II do artigo 76 do Estatuto da Universidade, o Centro se encontra sediado nessa faculdade desde 1974. Em 1976, o enfoque principal do CEM passou a ser a realização de pesquisas orientadas para a elaboração de obras de referência de cunho histórico, dando continuidade também aos Seminários de Estudos Mineiros.
O CEM é dirigido por um Conselho Diretor, composto de seis membros indicados por cada um dos departamentos que compõem a FAFICH, e mais um representante dos estudantes, cabendo ao diretor papel essencialmente executivo. Atualmente, o CEM ocupa duas salas espaçosas no terceiro andar da FAFICH, nas quais está sediada uma biblioteca com um acervo de mais 2 mil livros sobre Minas Gerais, dentre os quais obras raras e esgotadas. Porém, o principal acervo do CEM é constituído por bancos de dados doados por pesquisadores e historiadores, especialistas na história de Minas Gerais, como os professores Douglas Cole Libby, Adalgisa Arantes Campos, Beatriz Ricardina de Magalhães, Virginia Valadares e Tarcísio Rodrigues Botelho. A importância desses bancos de dados se deve ao fato de que reúnem a documentação
primária levantada, catalogada e processada, por estagiários e bolsistas, sob a supervisão dos referidos pesquisadores. A consulta a esse material é feita pessoalmente nos computadores instalados no CEM. O CEM também abriga milhares de planilhas manuscritas responsáveis por alimentar esses bancos de dados, estando também à disposição dos pesquisados e interessados em geral.